2005年10月，检方开始调查东国大学姜祯求教授违反《国家保安法》一案 [1] 。调查很正常，有嫌疑起诉也没问题，但问题是如何申请逮捕令。法务部部长千正培对检察总长金钟彬动用了调查指挥权 [2] ，指示他做不拘留调查。按照《检察厅法》，法务部部长有权在具体案件上指挥、监督检察总长。
千部长之所以动用调查指挥权，不仅仅是因为他判断这起案件适用于不拘留调查，更是因为他坚信按照《刑事诉讼法》精神，我们的刑事司法程序就应该遵循不拘留调查的原则。他认为，该案件“是否不拘留调查”是刑事司法程序“是否遵循不拘留调查原则”的一个重要分水岭。但金总长抗议法务部部长动用调查指挥权的行为，并提出了辞呈，包括后来成为检察总长的郑相明副部长，还有我在内的许多人竭尽全力挽留他，努力说服他，可他还是固执己见。当时，敌视参与政府的那些舆论媒体都把他捧为英雄。
说实话，我不理解他的处理方式，到现在也理解不了，如果拿参与政府跟以前的政府还有现在的政府稍作比较，就更理解不了了。参与政府之前的历届政府，法务部部长随意指挥检察总长简直就是家常便饭，甚至所谓的申请调查指挥权这样的程序都不用走，直接口头说就行了。现在的政府又如何呢？法务部部长虽说有权指挥检察总长一人，但部长以及法务部干部直接给地方检察长或负责调查的检察人员打电话，对调查做出指示，这是众所周知的。而在参与政府时期，这种事绝对没有过，我们只是使用了法律规定的方法而已。因此，这件事反而清楚地证实了，在当时，法务部部长平时对检察总长的工作不存在任何干涉行为。
当然了，从检察总长的立场上来看，这是有人在暗中给他施加压力，强迫他做一些他接受不了的事，他勇敢地公开内幕，甚至不惜为此辞职，这么做是为了维护检察系统的政治中立。但是千部长的所作所为都是公开、正式履行法律程序的。检察总长即使违背自己的原则，也应该遵照法务部部长的指示，这是正常的。他也可以选择其他渠道，将自己的原则尽可能阐释清楚。这又不是损害检察总长与检察系统“面子”和“自尊心”的事。不仅如此，这还是一个树立榜样的绝佳机会——法务部部长在具体案件上指挥检察总长时，必须履行指挥调查权这一公开程序。结果就因为金总长的反抗，一切又重新回到了过去那种不好的惯例上。而且，为了确保检察系统的中立，检察总长任期制是一项非常重要的制度，遵守任期制本身也很重要。在任期制还没有完全确立下来之前，检察总长因为这样一件事就自动终止了任期，这是我至今都无法理解的。
不过，千部长动用调查指挥权这件事本身是否合理也存有疑问。从康锦实部长时期开始，为了对法务部与检察系统进行改革，我们就认为应该选用非检察系统出身的人做法务部部长。但这样一来，问题出现了，法务部部长一直与检察系统相处得不太融洽。法务部部长在统率检察系统，引领改革队伍时存在很大的困难。这也是非检察系统出身的人做法务部部长难以为继的原因。千部长虽然对检察改革有坚定的信念和意志，但也遭遇了同样的困难。在此基础上又出现了调查指挥权问题，他与检察系统的隔阂就更加固化了，以至于到最后也没能与检察系统同心协力地推进检察改革。这样看来，我们为调查指挥权付出的代价还是很沉重的。
[1] 2005年10月，姜祯求教授在网络上发文主张“韩国战争是朝鲜高层为了统一祖国而进行的解放战争”，被告发违反《国家保安法》。
[2] 调查指挥权：韩国《检察厅法》第8条规定，法务部部长作为检察工作的最高监督者，一般可以指挥、监督检察工作，对于具体案件也可以指挥、监督检察总长。